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核酸相关> DNA标记和检测> 建库与高通量测序
产品编号: D7103S
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价格: ¥ 1598.00
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产品编号 产品名称 产品包装 产品价格
D7103S BeyoNGS™ DNA Library Quick-Prep Kit (For Illumina) 20次 1598.00元
D7103M BeyoNGS™ DNA Library Quick-Prep Kit (For Illumina) 100次 6298.00元

碧云天生产的BeyoNGS™ DNA Library Quick-Prep Kit (For Illumina),中文名为BeyoNGS™ DNA快速建库试剂盒(Illumina平台)。本试剂盒是针对于Illumina高通量测序平台研发的一款快速建库试剂盒,采用体外转座技术,仅需10分钟即可一步实现1-100ng DNA的片段化并添加上接头,无需经过传统文库制备时的片段化、末端修复、接头连接等繁琐步骤,随后使用本试剂盒进行PCR扩增就能获得适用于Illumina测序平台的高通量测序文库。本试剂盒具有DNA样品需求量低、操作方法简便、文库构建时间短等优点,适合于基因组DNA、PCR扩增产物或质粒等样品的片段化、接头连接及扩增。

二代测序(Next generation sequencing, NGS),又称为高通量测序(High-throughput sequencing)或深度测序(Deep sequencing),是基于PCR和基因芯片发展而来的新一代DNA测序技术。二代测序的实验操作步骤包括:样品准备(Sample preparation)、成簇(Cluster generation)、测序(Sequencing)和数据分析(Data analysis)。在二代测序中单个DNA分子必须扩增成由相同DNA组成的基因簇,然后通过同步复制来增强荧光信号强度从而解读出DNA序列。但是随着读长的增加,基因簇复制的协同性降低,导致测序质量下降,因此二代测序的准确读长会受到一定的限制,目前两端测序的情况下读长通常不超过500bp或600bp [1]。

本试剂盒的工作原理及流程步骤如图1所示。基因组DNA等DNA样品在BeyoNGS™ Tn5 Transposome的作用下通过Tagmentation (including DNA fragmentation and tagging)一步反应实现DNA片段化(Fragmentation)和接头连接,连接产物通过后续的PCR反应进行缺口填补,并借助双端标识PCR引物(Dual-Indexed PCR Primers)扩增后,制备成适用于Illumina二代测序平台的DNA文库,再经过DNA分选磁珠等方法去除大片段DNA、引物和PCR反应液等,最终得到片段大小符合预期的DNA文库用于二代测序[2-4]。

图1. BeyoNGS™ DNA Library Quick-Prep Kit (For Illumina) (D7103)的建库流程图。PCR扩增引物须根据实验需要自行准备。PCR扩增产物的长度主要集中在300bp左右,通常在200-500bp范围内。

本试剂盒提供了更适合文库扩增的BeyoNGS™ PCR Master Mix (2X),使用了高保真、扩增速度快的DNA Polymerase,提供了优化的反应缓冲液,只需加入上一步骤获得的DNA片段与接头的连接产物及适当引物,大大简化了文库扩增操作,减少了PCR操作过程中可能导致的污染,而且扩增过程中的错误发生概率极低,确保文库扩增的保真度、高效率、均一性和可重复性。

本试剂盒不提供扩增反应所需的Dual-Indexed PCR Primers。碧云天提供的BeyoNGS™ Dual-Indexed Primers of Tagmentation Set1/2/3/4 (For Illumina) (D9021/D9022/D9023/D9024),每个系列(Set)含有48种双端8bp索引序列(barcode)的组合引物,当4个系列一起使用可构建384种不同Barcode组合文库,用户可根据实验需求适当选择使用。

产品用途:本试剂盒适用于将DNA样品制备成Illumina高通量测序平台专用文库。采用碧云天的BeyoNGS™ DNA Library Quick-Prep Kit (For Illumina)制备的DNA文库效果,请参考图2。

图2. 碧云天BeyoNGS™ DNA Library Quick-Prep Kit (For Illumina)制备的DNA文库效果图。在20μl反应体系中,加入100ng Lamda DNA及相应量的BeyoNGS™ Tn5 Transposome,55ºC孵育5min,反应完毕加入5μl Stop Buffer (5X),混匀后55ºC孵育5min终止反应。产物经相应引物分别PCR扩增5、10和15个循环,得到的产物即为适用于Illumina二代测序平台的DNA文库(未进行片段大小分选)。加入适量 DNA上样缓冲液(6X) (D0071),使用BeyoGel™琼脂糖预制胶(D0161)进行电泳检测。实际效果会因样品种类、检测仪器等的不同而存在差异,图中数据仅供参考。

本试剂盒BeyoNGS™ Tn5 Transposome中的ME和接头(Adapters)的序列如下。

ME: 5'-p-CTGTCTCTTATACACATCT-3'-OH

Primer 1: 5'-OH-TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG-3'-OH

Primer 2: 5'-OH-GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG-3'-OH

注:上述接头序列与Nextera® DNA Sample Preparation Kit (Illumina, FC-121-1030/1031)或Nextera XT DNA

Library Preparation Kit (Illumina, FC-131-1024/1096)一致。

按使用说明操作,如果每个反应使用1μl的BeyoNGS™ Tn5 Transposome (20μM),本试剂盒小包装和中包装可分别进行20次和100次反应。

包装清单:
产品编号 产品名称 包装
D7103S-1 BeyoNGS™ Tn5 Transposome (20μM) 20μl
D7103S-2 Reaction Buffer (5X) 200μl
D7103S-3 Stop Buffer (5X) 250μl
D7103S-4 BeyoNGS™ PCR Master Mix (2X) 0.6ml
说明书 1份

产品编号 产品名称 包装
D7103M-1 BeyoNGS™ Tn5 Transposome (20μM) 100μl
D7103M-2 Reaction Buffer (5X) 1ml
D7103M-3 Stop Buffer (5X) 1.25ml
D7103M-4 BeyoNGS™ PCR Master Mix (2X) 3ml
说明书 1份
保存条件:

-20ºC保存,一年有效。

注意事项:

本试剂盒中的BeyoNGS™ Tn5 Transposome (20μM)储存溶液含50%甘油,在-20ºC保存不会冻结。须避免-80ºC保存,否则会冻结,反复冻融可能会影响Tn5转座酶的活性。

本试剂盒中的BeyoNGS™ Tn5 Transposome (20μM)较为粘稠,吸取时注意取样量准确,加样后请注意充分吹打混匀,避免产生气泡。

本试剂盒中的BeyoNGS™ Tn5 Transposome (20μM)的反应底物为DNA,不能用于RNA实验。

BeyoNGS™ PCR Master Mix (2X)在使用前,一定要完全融化,并上下颠倒轻轻混匀后才能使用,尽量避免产生气泡。

所需的Ultrapure Water,推荐选购碧云天的BeyoPure™ Ultrapure Water (DNase/RNase-Free, Sterile) (ST876)。

本产品仅限于专业人员的科学研究用,不得用于临床诊断或治疗,不得用于食品或药品,不得存放于普通住宅内。

为了您的安全和健康,请穿实验服并戴一次性手套操作。

使用说明:
1. DNA样品的定量。
因为Tn5 Transposome用量与DNA起始量密切相关,所以准确测定DNA浓度是实验的关键。纯化过的DNA样品溶于超纯水或10mM Tris-HCl (pH8.0)中,吸光度OD260/OD280应在1.8-2.0之间,并且DNA样品不含酚、乙醇等有机物的污染或超过1mM的EDTA,否则会影响DNA片段化和接头连接。推荐使用基于特异结合dsDNA的荧光染料法进行浓度测定,如Qubit荧光定量平台或PicoGreen荧光染料试剂盒。不推荐使用以紫外吸光度为基础的测定方法(如NanoDrop),潜在污染的RNA或蛋白会干扰紫外吸光度的检测。
2. DNA片段化与接头连接。
a. 室温融解Reaction Buffer (5X)和Stop Buffer (5X),轻轻混匀。
b. 按照下表依次添加各反应组分,轻轻吹打并确保充分混匀。如果样品数量比较多,可以将下表中样品之外的3种溶液预混合。
Components Volume
DNA Sample xμl (1-100ng)
Ultrapure Water (15-x)μl
Reaction Buffer (5X) 4μl
BeyoNGS™ Tn5 Transposome (20μM) 1μl
c. 按照如下程序在PCR仪上进行DNA片段化与接头连接反应。可根据DNA样品量和所需片段大小适当调整55ºC的反应时间。
Step Temperature
1 55ºC, 5-10min
2 10ºC, 10min
d. 从PCR仪中取出样品,加入5μl Stop Buffer (5X),轻轻吹打混匀后再次放回PCR仪中,55ºC孵育5min以终止反应。此时获得的为 DNA片段与接头的连接产物(DNA fragments with adapters)。
3. PCR扩增适用于Illumina二代测序平台的DNA文库。
a. 按照下表依次添加各反应组分,轻轻吹打混匀。
Components Volume
DNA fragments with adapters 24μl
i5 primer (10μM) 0.5μl
i7 primer (10μM) 0.5μl
BeyoNGS™ PCR Master Mix (2X) 25μl
Total Volume 50μl
b. 将样品置于PCR仪中,反应程序设置如下。
Step Temperature Time Cycles
1 68ºC 3min 1
2 92ºC 3min 1
3 92ºC 30s 4-14*
4 68ºC 90s
5 68ºC 10min 1
6 4ºC - -
注:Step1, 68ºC, 3min该步骤的目的是为了补平DNA文库末端缺口,此步骤不可省略。
* PCR循环数越多则DNA文库产量越高,但重复DNA文库数量也会增加,请根据测序需要选择适当的PCR循环数。不同起始DNA样品用量和不同循环数对应的DNA文库扩增后的大致产量参照下表:
DNA Sample Cycles
1ng 11 12 13 14
5ng 8 9 10 11
20ng 6 7 8 9
50ng 4 5 6 7
PCR Products (ng) 400 600 1000 1500
4. 磁珠分选特定长度的DNA文库。推荐使用BeyoMag™ DNA长度分选磁珠(D0038)或BeyoMag™ II DNA长度分选磁珠(D0039)的产品说明书或其它适当的DNA长度分选磁珠根据实验需要进行单侧或双侧的长度分选。具体的长度分选操作,请参考相应的产品说明书。自行制备的进行长度分选后的DNA文库就可以用于后续的高通量测序了。
参考文献:
1. Slatko BE, Gardner AF, Ausubel FM. Curr Protoc Mol Biol. 2018. 122(1):e59.
2. Picelli S, Björklund AK, Reinius B, Sagasser S, Winberg G, Sandberg R. Genome Res. 2014. 24(12):2033-40.
3. Bjornson M, Kajala K, Zipfel C, Ding P. Bio Protoc. 2020. 10(20):e3799.
4. Brouilette S, Kuersten S, Mein C, Bozek M, Terry A, Dias KR, et al. Dev Dyn. 2012. 241(10):1584-90.
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