染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation，ChIP)也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。
首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。基于此，我们推出ChIP-Seq的完整解决方案，协助您一起探索生物奥秘。

碧云天高通量测序与数据分析技术服务项目表：

备注：质检首次免费，如果样品首次质检不通过，后续再进行质检每样加收100元。

碧云天高通量测序技术服务询价与订购：

1. 请您下载并填写《 碧云天高通量测序服务询价表》，发送至service@beyotime.com，我们将为您设计最佳方案。
2. 若有订购意向，碧云天的高通量测序技术服务人员会与您联系，并签订《碧云天高通量测序技术服务协议书》。
3. 送样时，请下载并填写《碧云天高通量测序生物样品信息表》，发送至service@beyotime.com或碧云天高通量测序技术服务人员邮箱。样品的具体要求参见《碧云天高通量测序生物送样要求》。

碧云天高通量测序技术服务优势：

1. 技术经验丰富：碧云天拥有强大的技术团队，具有多年的核酸纯化试剂盒开发经验，在核酸样品处理方面有丰富的操作经验。
2. 分析能力强：碧云天有专业的生物信息分析团队，为您提供完善的分析服务。
3. 服务全面快速：碧云天有多年的试剂研发经验，有完备的分子生物学产品线和完善的生物技术服务体系，可为您后继实验提供跟踪服务。另外，我们承诺以最快的速度去解决您遇到的问题。
4. 实验平台灵活：碧云天现在主要利用主流的Illumina平台为主，可以根据实验目的和要求灵活运用不同的实验平台的优势。
5. 性价比高：碧云天以最优惠的价格为您提供最全面的服务，帮助您有效节约实验成本。

碧云天高通量测序技术服务客户须知：

1. 样品寄出前，请给service@beyotime.com或碧云天高通量测序技术服务人员邮箱发送一份填写完整的电子版《碧云天高通量测序生物样品信息表》；如有特殊情况，请在快递发出前与碧云天高通量测序技术服务人员电话联系，比如客户自送样品、提前寄送样品、有其它物品随样品一起快递需要额外点收等，以便安排人手，防止丢失。
2. 请将填写完整的纸质版《碧云天高通量测序生物样品信息表》以及其它技术资料(如有)密封于塑料袋内，随样品一起寄出；协议书和硬盘(数据量较大，需硬盘存储)请另单快递给对应接收人员，不要与样品一起快递，既避免物流分拣环节导致合同和硬盘遗失，也避免干冰或蓝冰冷凝水可能损坏文件和硬盘。
3. 如果需要进行生物信息学分析，请在《碧云天高通量测序生物样品信息表》的“项目描述”栏目里注明。
4. 样品置于1.5ml或其它型号的低吸附离心管里；管上清楚标明样品名称，样品管上的名称要与《碧云天高通量测序生物样品信息表》一致，请双人核实无误；用parafilm膜把样品管缠紧密封好；将样品管置于保护用的50ml离心管或其它容器里，用适量纸、纱布或棉花塞紧，防止样品管晃荡，旋紧盖子。
5. 根据样品类型选择室温、蓝冰或者干冰包装，选择最快的运输方式以免样品降解；合理安排发货时间，避免周六、周日或法定节假日到达，以免样品丢失。低温运输采用安全的干冰，不要用危险的液氮；液氮如果渗进样品管，在温度发生变化时因体积膨胀有可能导致爆炸，毁坏样品。
6. 项目结束后，剩余样品免费保存6个月；如果需要延长保存期或者返还，请提前与碧云天高通量测序技术服务人员联系。
7. 其它详细的样品要求请见《碧云天高通量测序生物送样要求》。

碧云天染色质免疫共沉淀技术服务项目明细：

染色质免疫共沉淀测序(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP)：通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。

技术流程
技术参数

测序平台与方式：HiSeq, PE150
测序数据量：建议5-6 Gb/样本(约30-40M Reads)
测序及基础分析周期：20个工作日

样品要求

1. DNA纯度：OD_260/280值应在1.8-2.0 之间。
2. DNA总量：每个样品总量不少于15ng。
3. DNA的保存溶剂：H₂O 或TE (pH 8.0)中。
4. 样品运输：冰袋运输，且在运输过程中请用parafilm将管口密封好，以防出现污染。
5. 建议在条件允许情况下，提供可供两次样品制备的量，以确保实验质量及延续性。

数据分析内容

1. 测序数据质量评估(QC)
2. 比对到参考基因组与数据统计
3. 基因组分布统计
4. Peak Calling分析
5. Peak顺式调控元件分布
6. Peak区域基因注释
7. Peak差异分析
8. 转录结合位点的Motif分析(仅针对转录因子)
9. Peak靶基因功能注释：GO基因本体注释分析
10. Peak靶基因功能注释：Pathways生物信号通路分析

应用案例

主要的转录因子和中间调节物在主要细胞识别基因上建立起超级增强子
Warren A.Whyte, et al. Master Transcription Factors and Mediator Establish Super-Enhancers at Key Cell Identity Genes. Cell, 2013,153,307-319.

控制大多数哺乳动物发育的转录因子可以控制细胞类型特异性模式的基因表达，通过高通量测序技术，在哺乳动物中鉴定出400,000至1.4 million个增强子，如：有特定的组蛋白修饰的增强子。建立和维持胚胎干细胞（ESCs）动态的基因表达依赖于少数几个主要转录因子，包括Oct4，Sox2，OSN(Nanog)等，与中间物复合体一起可以结合增强子，易于捕获RNA聚合酶II来作用靶基因的启动子区域。关于降低中间物水平可以模拟影响ESCs的Oct4水平的机制目前还不清楚。利用ChIP-seq技术,发现超级增强子具有影响大多数哺乳动物细胞类型中有识别作用基因表达的功能。

胚胎干细胞中的增强子和超级增强子